ねえ、知ってる？かもめ学園の七不思議、七番目の噂話。旧校舎3階の女子トイレ。そこには花子さんがいて、何かひとつを代償に呼び出した人の願いを叶えてくれる。呼び出し方はノックを3回。そして――「花子さん、花子さん、いらっしゃいますか？」七不思議七番目『トイレの花子さん』こと“花子くん”と縁を結んだ少女・八尋寧々。祓い屋の少年・源 光。2人は花子くんと共に、改変された七不思議や怪異たちの噂を元に戻すため、日々奔走していた。ある日、花子くんは言う。七不思議の中に裏切り者がいる、と。寧々たちは裏切り者を炙り出すため、七不思議の依代を破壊していく。二番目『ミサキ階段』、五番目『16時の書庫』を壊し、残る七不思議は『トイレの花子さん』を含めると五つ……一方、その裏で花子くんの弟・つかさは、七峰 桜、日向夏彦、そして新たに七不思議三番目『カガミジゴク』となったミツバと共に、寧々たちがまだ見ぬ七不思議に近づいて――